Você, clínica, deve emitir a NF informando o valor solicitado pelo cliente.
Deve-se utilizar o valor do orçamento (ex: R$ 1.000,00) como valor de face.
A clínica deve colocar o valor retido para a Capim (ex: 1% do valor do orçamento - R$10,00) como "dedução de desconto incondicionado", assim a base tributária será o valor que a Capim depositou à sua clínica (R$ 990,00).
Essa NF deve ser emitida para o consumidor final do serviço prestado.
Ao final de cada mês, a Capim emite uma NF com todos os valores retidos da sua clínica para justificativa contábil.